二氧化碳培養(yǎng)箱的滅菌方式主要包括以下幾種：
液體消毒劑：選擇對二氧化碳培養(yǎng)箱無腐蝕性的液體消毒劑。但需要注意，液體消毒劑的消毒效果受多種因素影響，如溫度、接觸時間、pH值、穿透能力和有機物反應等。
紫外消毒：一般先用蒸餾水清洗干凈后，再用培養(yǎng)箱自帶的紫外燈照射一天。但紫外無法直接照射到的部位，微生物就難以被殺滅，而且滅菌效果也受到溫度、濕度、紫外燈功率等因素的影響。
干熱滅菌：當CO2培養(yǎng)箱用于污染危險區(qū)域時，干熱滅菌可作為清潔室內的附加手段。干熱滅菌采用6面直接加熱，加熱溫度高達125°C，高溫在培養(yǎng)箱中保持2小時以上，經過8小時的滅菌程序（包括2-3小時的預熱時間），滅菌室內的溫度降低并恢復到37°C或上一個程序設定的溫度。
濕熱滅菌：以高溫濕熱環(huán)境使微生物的DNA或者RNA變性，失去活力。這種方式對細菌、真菌、芽孢、支原體能實現(xiàn)有效殺滅，尤其對于箱體內已經出現(xiàn)明顯污染的有理想效果。
HEPA過濾器滅菌：高效空氣過濾器通過有效地過濾空氣中的顆粒物質及微生物，從而消除潛在的污染風險，為細胞培養(yǎng)提供安全可靠的無菌環(huán)境。
純銅內表面、管路、擱板輔助滅菌：銅的抗菌作用歸因于銅離子的釋放，可使微生物的細胞壁分解，或破壞微生物體內某些重要蛋白質的結構，從而抑制微生物的污染